Berdasarkan Surat Kepala Pusat Data dan Statistik Pendidikan, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 21465/P3/KP/2013 tanggal 3 Oktober 2013 perihal Pengajuan NISN Satuan Pendidikan Kementerian Agama yang isinya anatara lain :
- Pengajuan NISN bagi satuan pendidikan (MI/MTs/MA) dibawah pengelolaan Kementerian Agama dilakukan melalui Pendataan EMIS/Binmas lain Kementerian Agama.
- Pusat Data dan Statistik Pendidikan (PDSP) tidak menerima pengajuan NISN Satuan Pendidikan (MI,MTs/MA) dibawah pengelolaan Kementerian Agama seecara individu maupun kolektif sekolah.